La prima attestazione di un insediamento religioso a Bargano risale al secolo X, quando nel 970 in una permuta tra Aldegrausi, vescovo di Lodi, e Riccardo, prete della chiesa di San Giorgio in Palazzo a Milano, fu citata una cappella dedicata a San Bassiano.
La chiesa di Bargano fu tra le istituzioni ecclesiastiche lodigiane tassate dal papato nella “talia” del 1261, dove figurava compresa nella pieve di Overgnaga.
Nel 1584 la chiesa di San Leone di Bargano fu censita come parrocchia nel riordinamento della struttura territoriale ecclesistica del Lodigiano seguita al Concilio di Trento.
La parrocchia di Bargano nel 1619 figurava compresa nel vicariato di Sant’Angelo Lodigiano ed era officiata da un rettore; vi erano state istituite le confraternite del Santissimo Sacramento, della Dottrina Cristiana e del Rosario; la parrocchia contava 730 anime e comprendeva l’oratorio dei Santi Cipriano e Giustino.
Nel 1690 la parrocchia contava 500 anime e, oltre a quello già citato, vi era stato eretto l’oratorio di San Francesco; la parrocchia era passata nel vicariato di Massalengo. Secondo la nota specifica delle esenzioni prediali a favore delle parrocchie dello Stato di Milano, la parrocchia di Bargano possedeva fondi per pertiche 44; il numero delle anime, conteggiato tra Pasqua del 1779 e quella del 1780, era di 681.
Nel 1786 Bargano era compresa nel vicariato di Pieve Fissiraga; il diritto di nomina dell’arciprete spettava al vescovo; la parrocchia contava 826 anime. Nel 1859 Bargano era passata al vicariato di Sant’Angelo Lodigiano; il numero delle anime ammontava a 842 e comprendeva gli oratori di Sant’Antonio da Padova e San Francesco.
Nel 1910 la parrocchia contava 814 anime e apparteneva nuiovamente al vicariato di Pieve Fissiraga (Parrocchie 1910). Tra il 1953 e il 1961 la chiesa parrocchiale fu interamente riedificata. La parrocchia di Bargano nel 1989 figurava compresa nel vicariato di Sant’Angelo Lodigiano.